巴氏殺菌機殺菌的原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢;溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的zui適生長溫度和耐熱、耐冷能力。

巴氏殺菌機是是將溫度控制儀設定好PU值給轉化為各溫區(qū)水槽的實際控制溫度的曲線，在通過對于溫度的檢測的控制各溫區(qū)的溫度的變化。主傳動電機帶動上下兩層的輸瓶鏈網將物料一次的經過三個溫區(qū)的逐級的升溫預熱，和兩個溫區(qū)的殺菌以及三個溫區(qū)的逐級的降溫和冷卻的過程。

巴氏殺菌機是采用溫度低于100的高溫水來殺菌。當食品進入殺菌機，高溫殺死一些細菌，然后進入冷卻槽，驟熱驟冷的環(huán)境可以殺死剩余的一部爭細菌。然后進入風干機，將軟包裝食品可罐裝瓶裝食品表面吹干。